深圳先进院目前设有计算机科学与技术（2012年）、生物学（2019年）、化学（2023年）、控制科学与工程（2023年）4个博士后流动站，其中计算机科学与技术博士后科研流动站为深圳市获批的首个该领域博士后科研流动站。自设站以来，流动站已累计招收博士后研究人员2803人，目前在站博士后976人。博士后平均年龄31岁，其中77%来自双一流高校。

为响应地方发展需求，深圳先进院积极探索合作机制，目前与50余家企事业单位建立了联合培养模式，包括比亚迪、迈瑞医疗、联影、香港大学深圳医院等行业领军单位。截止2024年底，累计联合培养超1000人，实现了创新与培养双促进的良性循环。

依托现有的博士点、学科及师资优势，近三年来，深圳先进技术研究院累计获批中国博士后科学基金163项，中国博士后科学基金资助人数连续八年位居全国科研院所之首。