根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合科技布局调整的要求，围绕深圳市实施创新型城市战略，2006年2月，深圳市人民政府及香港中文大学友好协商，在深圳市共同建立中国科学院深圳先进技术研究院，实行理事会管理，探索体制机制创新。
中国科学院深圳先进技术研究院实行理事会制度，由中科院和深圳市政府各委派3人组成，实行双组长制，其主要职责是确定年度建设计划。
中国科学院深圳先进技术研究院定位于创新型综合性工业研究院，目前已初步构建起以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统。基于“工研院”的定位，致力于推动研究成果的转移转化和资本运营，目前已注资成立两家投资管理有限公司，已拥有多支天使基金和风投基金。
截至2020年底，累计孵化企业1186家，持股301家，风投基金在机械制造业、高端医疗设备、精密仪器、高新软件等领域进行了多项股权投资，获得了较高的回报，其中联影科技、中科强华等企业成为细分领域的领导品牌。
